【2026年版】独立行政法人の年収ランキング！政府系金融機関など99法人の年収を比較、転職先の一覧も

転職するなら、いまより年収の高い職場へ移りたい。そう考えると、候補の独立行政法人が公的機関の中でどんな位置にあるのかが気になるところです。公的機関の年収はどこも国家公務員並みと思われがちですが、法人ごとの差は400万円以上あります。そこでこの記事では、独立行政法人や政府系金融機関など99法人を平均年収の高い順に並べ、平均年齢・職員数も同じ表で比べられるようにしました。あわせて、8つの分類別の一覧と、公務員や有価証券報告書の数字との違い、主な職種、経歴に合った転職エージェントも紹介します。

独立行政法人等の年収ランキング

独立行政法人や特殊法人、認可法人は、役員の報酬と職員の給与を「役職員の報酬・給与等について」として毎年公表しています。これらの公表資料は、総務大臣が定めるガイドラインに沿った共通の様式で作られています。ランキングは、各法人の令和7年度分（2025年度分）の公表から、事務・技術職員の数字を99法人分集めて作成しました。比較しやすいよう、独立行政法人だけでなく、日本銀行や日本政策金融公庫といった特殊法人・認可法人も含めています。

99法人の年収ランキング一覧

ランキングの表にある平均年収は、各法人の公表資料にある事務・技術職員の平均年間給与をまとめたものです。民間の給与データと比べるときに注意したいのが、この金額には時間外勤務手当（残業代）が含まれていない点です。また、職員数も事務・技術職員の人員となっており、研究職員や病院の医師・看護師といったほかの職種は入っていません。産業技術総合研究所の採用ページでは、技術職員は研究開発の現場を支える職員、研究者は研究職員という別の職種として分けられています。

表の上位20位には、都市再生機構、中小企業基盤整備機構、情報処理推進機構も入っています。さらに、開発途上国への支援をおこなう国際協力機構や、住宅ローンの証券化支援をおこなう住宅金融支援機構も上位20位に入っています。一方で、奨学金事業を担う日本学生支援機構や、ダムや用水路を管理する水資源機構は40位台に位置しており、中堅どころの水準です。

なお、3位に入っている労働政策研究・研修機構のように、職員数が50人に満たない規模の法人もあります。

独立行政法人等の平均年収の全体像

99法人の全体像を見ると、平均年収が最も高いのは日本医療研究開発機構の1,033万円、最も低いのは国立成育医療研究センターの571万円で、その差は約460万円にのぼります。

各法人の平均年収を帯ごとに分けると、900万円以上が12法人、800万円台が31法人、700万円台が33法人、600万円台が18法人、600万円未満が5法人となっています。99法人のうち、700万円台と800万円台の2つの帯に64法人が集まっています。

総務省も、各法人の公表をまとめた数字を出しています。独立行政法人等87法人の事務・技術職員を合わせた平均年間給与は約759万円、特殊法人等17法人を合わせた平均は約822万円で、特殊法人等のほうが約60万円高い数字です。まとめに入る法人は、ランキングの99法人と一部違います。

年収が高い法人・低い法人

99法人のうち、平均年収が1,000万円を超えるのは1位の日本医療研究開発機構と2位の原子力損害賠償・廃炉等支援機構の2法人です。上位10法人には、研究開発の公募や助成を担う日本医療研究開発機構や新エネルギー・産業技術総合開発機構のほか、年金積立金を運用する年金積立金管理運用独立行政法人、預金保険機構、日本銀行、国際協力機構が入っています。

一方、平均年収が600万円未満の法人は5法人にとどまり、その多くは国立病院機構、労働者健康安全機構、地域医療機能推進機構など、病院を運営する法人です。病院を運営する法人のほかでは、国立女性教育会館も600万円未満に入っています。

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独立行政法人など公的機関の一覧

一覧では、ランキングの99法人を、業務の内容に合わせて8つの分類に分けています。

また、知っておきたいのが職員の身分の違いです。独立行政法人は、その役割によって「国立研究開発法人」「中期目標管理法人」「行政執行法人」の3つの区分に分かれています。一覧の表の種類の欄では、中期目標管理法人を「独立行政法人」と書いています。このうち、職員が国家公務員の身分をもつのは「行政執行法人」に当たる以下の7法人だけです。

• 国立公文書館
• 統計センター
• 造幣局
• 国立印刷局
• 農林水産消費安全技術センター
• 製品評価技術基盤機構
• 駐留軍等労働者労務管理機構

この7法人を除く独立行政法人の職員は、国家公務員の身分をもちません。

政府系金融機関

政府系金融機関の分類は、中央銀行の日本銀行と、融資・資金の運用・保険・貯金保険・預金保険を業務とする法人の11法人です。日本銀行・国際協力銀行・日本政策金融公庫・住宅金融支援機構・年金積立金管理運用独立行政法人・預金保険機構などが入ります。

政府系金融機関の11法人は、平均年収の真ん中の法人で比較すると、8つの分類のなかで最も高い分類です。

また、同じ分類のなかでも職員数には大きな差があります。日本政策金融公庫や日本銀行は、事務・技術職員が数千人いる大きな法人です。その一方で、農水産業協同組合貯金保険機構（14人）や奄美群島振興開発基金（13人）のように、職員が十数人の法人もあります。

研究開発

研究開発の分類は、理工学や社会科学の研究開発と、研究費の配分を業務とする17法人です。宇宙航空研究開発機構・理化学研究所・産業技術総合研究所・科学技術振興機構・労働政策研究・研修機構などが入ります。

研究開発の17法人の平均年収は、防災科学技術研究所の695万円から、労働政策研究・研修機構の993万円に分かれます。同じ研究開発の分野であっても、法人によって約300万円もの差があることがわかります。

職員の数も幅広く、日本原子力研究開発機構は事務・技術職員が1,308人と分類のなかで最も多くなっています。これに対して建築研究所は12人で、組織の規模には大きな開きがあります。

国際協力・貿易・資源

国際協力・貿易・資源の分類は、海外への協力や交流、貿易や観光の振興、資源の確保を業務とする5法人です。この分類には、国際協力機構・日本貿易振興機構・国際交流基金・エネルギー・金属鉱物資源機構・国際観光振興機構が入ります。

国際協力・貿易・資源の5法人は、どの法人も平均年収が800万円を超えています。

この5法人のなかで事務・技術職員の数が最も大きいのは国際協力機構の945人で、最も小さいのは国際観光振興機構の86人です。

医療・福祉・年金

医療・福祉・年金の分類は、病院の運営、医療研究、福祉・雇用の支援、年金・退職金共済の運営を業務とする17法人です。国立病院機構・日本年金機構・福祉医療機構・高齢・障害・求職者雇用支援機構や、国立がん研究センターなどの研究センターが入ります。

この分類は、法人間での給与格差が大きいのが特徴です。今回の99法人のなかで平均年収が最も高い日本医療研究開発機構と、最も低い国立成育医療研究センターは、どちらもこの分類に入ります。ただし、平均年収の真ん中の法人で比較すると、医療・福祉・年金の17法人は8つの分類のなかで最も低い分類となります。

職員数では、日本年金機構が事務・技術職員8,796人を抱えており、99法人のなかで最も大きな規模となっています。

教育・文化

教育・文化の分類は、学校・博物館・美術館などの運営と、教育・文化・スポーツの支援を業務とする17法人です。国立高等専門学校機構・日本学生支援機構・国立美術館・国立科学博物館・日本スポーツ振興センター・国立公文書館などが入ります。

教育・文化の17法人の平均年収は、国立女性教育会館（2026年4月に男女共同参画機構へ改組）の598万円から、日本芸術文化振興会の841万円に分かれます。

職員数を見ると、国立高等専門学校機構が事務・技術職員1,797人で、分類のなかで最も大きな職員数となっています。

産業・インフラ

産業・インフラの分類は、都市・鉄道・水・道路・空港の基盤整備と、中小企業・IT・電力の産業の振興を業務とする8法人です。都市再生機構・鉄道建設・運輸施設整備支援機構・水資源機構・中小企業基盤整備機構・情報処理推進機構などが入ります。

産業・インフラの8法人のうち、空港周辺整備機構を除く7法人の平均年収が780万円を超えています。

事務・技術職員の数では、都市再生機構が2,872人で分類のなかで最も大きくなっています。

農林水産・環境

農林水産・環境の分類は、農林水産業の研究・振興と、環境の研究・保全を業務とする8法人です。農業・食品産業技術総合研究機構・森林研究・整備機構・水産研究・教育機構・家畜改良センター・国立環境研究所などが入ります。

農林水産・環境の8法人の平均年収は、家畜改良センターの678万円から、環境再生保全機構の850万円に分かれます。

事務・技術職員の数では、農業・食品産業技術総合研究機構が982人で分類のなかで最も多くなっています。

規制・審査・その他の行政

規制・審査・その他の行政の分類は、製品・医薬品・車両・食品の審査や検査、銀行券・貨幣の製造、統計などの国の事務を担当する16法人です。医薬品医療機器総合機構・製品評価技術基盤機構・自動車技術総合機構・国立印刷局・造幣局・統計センター・日本司法支援センターなどが入ります。日本中央競馬会（競馬の開催）・外国人技能実習機構・原子力損害賠償・廃炉等支援機構など、ほかの分類に当てはまらない法人もこの分類に入れています。

この分類には、職員が国家公務員の身分をもつ行政執行法人が多く集まっています。行政執行法人の7法人のうち、統計センター・造幣局・国立印刷局・農林水産消費安全技術センター・製品評価技術基盤機構・駐留軍等労働者労務管理機構の6法人がこの分類に該当します。国立公文書館だけは教育・文化の分類です。

平均年収では、原子力損害賠償・廃炉等支援機構の1,011万円がこの分類で最も高い数字です。職員数では、銀行券の製造をおこなう国立印刷局が事務・技術職員2,895人で、分類のなかで最も大きな規模となっています。

ランキングの表には入らない公的機関もあります。国土交通省・国税庁は国の機関で職員は国家公務員、東京都庁・大阪市役所は自治体で職員は地方公務員です。日本政策投資銀行とNEXCO東日本・NEXCO中日本・NEXCO西日本は有価証券報告書を出している政府系の会社で、日本赤十字社も表に入りません。当サイトの記事は、名前にリンクのある機関から開けます。

• 日本政策投資銀行
• 東日本高速道路（NEXCO東日本）
• 西日本高速道路（NEXCO西日本）
• 中日本高速道路（NEXCO中日本）
• 日本赤十字社
• 国土交通省
• 国税庁
• 東京都庁
• 大阪市役所

公的機関への転職を進めるときは、転職エージェントの比較記事も参考にしてください。

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年収ランキングの見方

表の数字は、平均年齢や職員数、数え方の違いで見え方が変わります。

平均年齢・職員数による違い

法人の年収を見るときは、まず職員の「平均年齢」と「職員数」を確かめることが大切です。

一般に、独立行政法人などは年功的な賃金体系なので、職員の平均年齢が高いほど平均年収も高く出やすくなります。また、地域手当は都市部ほど多く支給されるため、都市部で働く職員が多いと、その法人の平均年収が上がりやすくなります。

ランキングでも、上位3法人は平均年齢が47.4歳・46.3歳・50.1歳と高くなっています。99法人の半分は平均年齢が43.5歳以下なので、上位の法人は比較的年齢層が高いことがわかります。ただし、上位10法人のうち9位の日本中央競馬会（40.7歳）と10位の新エネルギー・産業技術総合開発機構（41.2歳）は40歳代前半で、年齢だけで順位が決まるわけではありません。

さらに、上位3法人の事務・技術職員は71人・62人・42人で、いずれも100人未満です。一般に、職員数が数十人の法人の平均は、数人の年齢や役職の違いで動きやすくなります。

一方で、自動車技術総合機構は平均年齢35.2歳と99法人で最も若く、平均年収は623万円です。

各法人の公表資料には、年齢と役職ごとのモデル給与も載っています。扶養親族がいない場合の35歳の年間給与は、情報処理推進機構（本部課長補佐）が約693万円、中小企業基盤整備機構（本部課長代理）が約758万円、都市再生機構（主査）が約663万円です。50歳の課長では、3法人とも1,000万円を超えます。

これに対して、日本年金機構・国立印刷局・都市再生機構のように職員が数千人の法人の平均は、若手から管理職までを広く含んだ数字です。職員数が数十人の法人と数千人の法人では平均の意味が異なるため、単純な順位だけで比べないようにしましょう。

国家公務員と比較した指数

独立行政法人は職員の給与の基準をそれぞれ自ら定め、その際に国家公務員の給与を考慮することになっています（独立行政法人通則法）。ただし、給与の基準は法人ごとに労使交渉を経て決めるため、給与制度や初任給には違いがあります。

各法人が国家公務員と比べてどの水準にあるかを表すのが、公表資料に載っている「対国家公務員指数」です。国家公務員を100とした指数で、年齢の構成を補正した値と、年齢・地域・学歴の構成を補正した値があります。

独立行政法人等87法人を1つの法人とみなした事務・技術職員の対国家公務員指数（年齢勘案）は102.8です。国家公務員を100とすると、約3%高い水準です。

公務員の月額の給与との違い

国家公務員や地方自治体の給与と独立行政法人の年収を比較したい人も多いでしょう。しかし、両者を比べるときには注意が必要です。

公務員の給与は、年収ではなく月額の平均（平均給与月額）で公表されています。平均給与月額は給料（俸給）と諸手当を合わせた額で、ボーナス（期末手当・勤勉手当）を含みません。

実際の数字を見ると、国家公務員の行政職俸給表(一)の職員は、令和7年4月1日で139,580人、平均41.9歳、平均給与月額414,480円です。また、国税庁の職員などが含まれる税務職俸給表の職員は、同じ日で48,942人、平均41.3歳、平均給与月額442,129円です。

地方自治体では、東京都庁の一般行政職が令和8年4月1日で平均41.8歳、平均給与月額486,488円（平均給料月額336,115円）です。大阪市役所の一般行政職は、令和8年4月1日で平均43.1歳、平均給料月額（諸手当を含まない額）339,000円となっています。

公務員の月額と、ランキングの表の年収は数え方が違うので、並べて高い低いを比較することはできません。

有価証券報告書の年収との違い

民間企業や政府系企業から転職を考えるとき、有価証券報告書の平均年間給与と比較することもあるでしょう。

有価証券報告書の平均年間給与は、時間外勤務手当（残業代）を含み、従業員全体の平均です。各法人の公表資料の数字は残業代を含まず、事務・技術職員だけの平均です。数え方が2つ違うので、同じ法人でも数字が変わります。

たとえば、日本政策金融公庫の平均年間給与は、有価証券報告書（2026年3月期）では約920万円（7,368人・平均42.4歳）です。一方、公表資料の平均年収は769万円（事務・技術職員4,375人）と、150万円以上の差があります。

国際協力銀行の平均年間給与は、有価証券報告書（2026年3月期）では約863万円（866人）ですが、公表資料の平均年収は873万円（事務・技術職員428人）です。

国際協力銀行のように、公表資料の数字のほうが高くなる法人もあります。

そのほか、日本政策投資銀行は有価証券報告書（2026年3月期）で平均年間給与約1,184万円（1,324人・平均36.8歳）です。高速道路各社（NEXCO 3社）の有価証券報告書（2026年3月期）では、東日本高速道路（NEXCO東日本）が約831万円、西日本高速道路（NEXCO西日本）が約816万円、中日本高速道路が約801万円となっています。

独立行政法人の主な職種と年収

ほとんどの法人の公表では、職員を事務・技術職員、研究職員、病院医師、病院看護師などの職種に分けて、職種別に平均年間給与を示しています。公的機関への転職を考えるときは、どの職種を目指すかによって見るべき給与の数字が大きく違います。

事務・技術職員

総務省のまとめでは、独立行政法人等87法人の事務・技術職員は33,920人です。

多くの法人で、事務・技術職員の給与は国家公務員の給与に近い構成です。基本給にあたる俸給と諸手当、期末手当・勤勉手当（ボーナス）で構成されており、手当の呼び方は法人によって違い、「賞与」と呼ぶ法人もあります。諸手当の主なものは、勤務地に応じた地域手当、扶養手当、通勤手当などです。各法人が公表している平均年間給与は、こうした諸手当を含む月々の給与の1年分に、期末手当・勤勉手当を足した金額です。なお、ここには時間外勤務手当（残業代）は含まれていません。

国家公務員の給与は人事院勧告をもとに改定されますが、独立行政法人は、給与の基準を定めるときに国家公務員の給与を考慮します。

注意したいのは、独立行政法人では事務職と研究者とで給与の体系が大きく違うことです。研究開発をおこなう法人などで研究者の給与が高い場合でも、事務職の給与まで高いとは限りません。応募を検討するときは、事務・技術職員としての給与体系がどうなっているかを確かめることが大切です。

研究職員

総務省のまとめでは、独立行政法人等87法人の研究職員は8,468人で、平均年間給与は約996万円です。研究職員の平均年間給与は、同じ87法人の事務・技術職員の平均より約240万円高くなっています。産業技術総合研究所の令和7年度の公表では、研究職員は1,534人で平均年齢は48.1歳、平均年間給与は約1,019万円です。同じ法人の職位「研究員」は148人で平均年齢は32.3歳、平均年間給与は約651万円です。

ランキングの表は事務・技術職員の数字なので、研究職員の給与は入っていません。研究職として公的機関への転職を考えている方は、ランキング表の数字だけで判断せず、各法人が公表している研究職員の給与を確かめることが大切です。理化学研究所では、研究職の任期付職員（年俸制）が801人で、任期の無い常勤の研究職（年俸制適用者を含めて369人）より多くなっています。募集が任期付きかどうかも確かめてください。

病院医師・病院看護師などそのほかの職種

総務省のまとめでは、独立行政法人等87法人の病院の医師は6,976人で、平均年間給与は約1,429万円です。同じまとめで、病院の看護師は41,886人で、平均年間給与は約543万円となっています。

病院の医師・看護師がいるのは、国立病院機構、地域医療機能推進機構、労働者健康安全機構、国立がん研究センターなどの国立の研究センターと、量子科学技術研究開発機構です。

ランキングの下位に並ぶ病院の法人の数字は、病院の医師・看護師ではなく、事務・技術職員の平均です。表の順位を見て医療職全体の給与が低いと誤解しないよう注意してください。

独立行政法人・公的機関への転職で使う転職エージェント

独立行政法人や公的機関へ転職するとき、中途の求人を探す方法は大きく分けて2つあります。

1つ目は、各法人の採用ページを直接確認する方法です。都市再生機構や国際協力機構、情報処理推進機構、日本貿易振興機構などは、自身のWebサイトに経験者採用の案内を載せています。産業技術総合研究所は、研究職員・技術職員・事務職員の採用を案内し、2025年度の正規雇用の中途採用比率を59.4%と公表しています。

2つ目は、官公庁や公社、団体の区分がある転職エージェントを使う方法です。リクルートエージェントとdodaでは、公的機関の求人を専用の区分から選べます。2社とも利用は無料です。

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リクルートエージェントは、業界や職種をかぎらない総合型の転職エージェントです。

業界区分に「公共インフラ 官公庁 各種団体」があり、その中に「公務員 官庁 公社」や「非営利法人 NPO法人 財団法人 団体」の区分があります。職種区分にも「公務員/団体職員/農林水産」があり、省庁職員や団体職員の求人が入る区分です。民間企業で事務職や営業をしてきた人は、この職種区分を見ることで、公務員・団体職員の求人を見られます。

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dodaでは、業種「公社・官公庁・学校・研究施設」と、職種「公務員・教員・農林水産関連職」の区分から求人を見られます。

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キャリアカウンセリングは原則オンラインか電話で、キャリアアドバイザーとはLINEでもやり取りできます。

登録した経歴をもとにオファーが届くスカウトサービスもあり、氏名や連絡先は公開されません。

まとめ

ランキングの99法人の平均年収は、法人によって400万円以上の差があります。公的機関だからといって待遇が横並びなわけではなく、分類ごとに平均年収の真ん中の法人で比べると、政府系金融機関が最も高く、病院を運営する法人の多い医療・福祉・年金が最も低くなっています。

また、ランキングの表にある平均年収は事務・技術職員の数字です。時間外勤務手当（残業代）が含まれていないことや、平均年齢の違いでも水準は動きます。研究職員や病院の医師の水準を確かめるときは、表の数字をそのまま見るのではなく、職種別の平均で見ることが大切です。

公的機関への転職活動を進めるときは、これまでの経験に合わせて転職エージェントを選びましょう。公的機関の求人は、事務職や営業の経験ならリクルートエージェント、技術系や研究職の経験ならdodaで見られます。ご自身の強みをいかせる窓口から登録して、希望に合う求人を探してみてください。